Stephan Pollhammer rozpoczął edukację muzyczną w 2002 roku w Musikum Hallein i ukończył z wyróżnieniem przedmioty flet prosty, organy i fortepian. W tym czasie otrzymał wiele nagród w krajowym konkursie muzycznym „prima la musica”. Od 2011 roku pracował jako organista kościelny w okolicach Hallein. Rozpoczął naukę gry na organach w 2015 roku na Uniwersytecie Mozarteum w Salzburgu u prof. Hannfrieda Lucke. Dodatkowo od 2016 roku studiował pedagogikę instrumentalną fortepianu u Christopha Declary. Kontynuował naukę u prof. dr. Martina Sandera na Uniwersytecie Muzyki i Sztuk Scenicznych w Monachium. Uczestniczył w kursach mistrzowskich między innymi u Martina Schmedinga, Jaroslava Tumy i Matthiasa Maierhofera. W 2017 roku otrzymał nagrodę Międzynarodowej Letniej Akademii Uniwersytetu Mozarteum. Zdobył I nagrodę oraz nagrodę publiczności na Międzynarodowym Konkursie im. Marii Hofer w Kitzbühel w 2019 r., I nagrodę na Międzynarodowym Konkursie Rheinbergera w Vaduz oraz II nagrodę na Międzynarodowym Konkursie Bachowskim w Wiesbaden w 2020 r. Do jego sukcesów na międzynarodowych konkursach organowych należą: I nagroda i nagroda specjalna na Konkursie Sweelincka w Gdańsku w 2024 r., I nagroda i nagroda publiczności na Konkursie Schnitgera w Alkmaar w 2022 r., II nagroda na Konkursie Eberharda Friedricha Walckera w Schrambergu w 2022 r., II nagroda na Konkursie Bachowskim w Wiesbaden w 2020 r. i I nagroda na Konkursie Rheinbergera w Vaduz w 2019 r. Jako solista występował w międzynarodowych cyklach organowych w katedrze we Fryburgu Bryzgowijskim, katedrach w Alkmaar, Salzburgu, Segedynie i Vaduz, a także w sali radiowej ORF w Wiedniu. Wykłada literaturę organową na Uniwersytecie Muzyki i Teatru w Monachium oraz akompaniament i studia oratoryjne w Kolegium Leopolda Mozarta przy Uniwersytecie w Augsburgu.
